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La cueva del Topo

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Podcast sobre la historia de la ciencia y temas de interés en el área de la Biología, amantes de la música y el cine.

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June 9, 2026

Entre reglas y excepciones: una nueva forma de hacer ADN

Durante décadas, la biología ha funcionado a partir de una idea que parece tan lógica que rara vez la cuestionamos: el ADN se copia a partir de ADN. Como si fuera un texto, una de las dos hebras de la molécula sirve de guía y otra la sigue, letra por letra, construyendo finalmente una copia fiel. Este proceso sostiene la vida tal como la conocemos: permite que las células se dividan, que los organismos crezcan y que la información genética pase de una generación a otra. En esencia, todo descansa sobre una regla sencilla: para hacer ADN, necesitas un molde. Esa idea no es solo una explicación práctica, es uno de los pilares sobre los que se ha construido la biología molecular moderna. Cada vez que hablamos de genes, de herencia o incluso de enfermedades, estamos asumiendo que ese mecanismo funciona de forma ordenada, precisa y, sobre todo, predecible. Y aunque la ciencia ha descubierto excepciones curiosas y mecanismos alternativos, la noción de copiar a partir de un molde ha permanecido firme, casi intocable, como una regla básica de cómo opera la vida en su nivel más profundo. Sin embargo, la naturaleza tiene una forma muy particular de recordarnos que nuestras reglas son, en realidad, aproximaciones. En los últimos años, los científicos han empezado a descubrir sistemas biológicos que no encajan del todo en ese esquema clásico. No es que lo contradigan directamente, sino que lo rodean, lo estiran y, en algunos casos, lo llevan a sus límites. En bacterias, por ejemplo, se conocen mecanismos de defensa increíblemente sofisticados contra virus, estos virus conocidos como fagos, que obligan a estas células a innovar constantemente para sobrevivir. En ese contexto de lucha microscópica, han surgido enzimas capaces de hacer cosas que antes parecían improbables. Entre ellas, una que ha llamado especialmente la atención: una enzima que puede construir ADN sin seguir un molde de ADN o ARN como los que conocemos. En lugar de copiar información existente, parece utilizar su propia estructura como guía para ensamblar nuevas cadenas. No se trata de un sistema caótico ni aleatorio, sino de un proceso altamente organizado, con reglas internas que todavía estamos empezando a entender. Este hallazgo no elimina lo que sabíamos, pero sí nos obliga a mirar con más cuidado los límites de esas reglas. En nuestro viaje de hoy vamos a activar la función de nanoreducción para explorar ese descubrimiento paso a paso, tratando de entender qué hace realmente este sistema, cómo funciona a nivel molecular y por qué es importante sin caer en exageraciones. La idea no es romper las bases de la biología, sino ampliarlas con evidencia real. Porque a veces, lo más fascinante no es que la naturaleza contradiga nuestras ideas… sino que nos muestre que aún no hemos terminado de comprenderlas. Música del capítulo Miguel Johnson - Buen Día Para Morir - Epic version COSMED - Cosmic Cities — Deep Space Ambient Music & Alien Megalopolis Atmospheres 8-Bit Misfits - RIO Duran Duran - Is There Something I Should Know? Enlaces Artículo Deng, P., Lee, H., Armijo, C., Wang, H., & Gao, A. (2026). Protein-templated synthesis of dinucleotide repeat DNA by an antiphage reverse transcriptase. Science. Disponibe en: https://send.now/wt62km4zgbe6 Para leer más Betat, H. and Mörl, M. (2015), The CCA-adding enzyme: A central scrutinizer in tRNA quality control. BioEssays, 37: 975-982. Disponibe en: https://doi.org/10.1002/bies.201500043 Crick F. (1970). Central dogma of molecular biology. Nature, 227(5258), 561–563. Disponibe en: https://www.dna.caltech.edu/courses/cs191/paperscs191/CrickCentralDogma1970.pdf Ganai, R A., Osterman, P., Johansson, E. (2015). Yeast DNA Polymerase epsilon Catalytic Core and Holoenzyme Have Comparable Catalytic Rates. Journal of Biological Chemistry, 290(6): 3825-3835. Disponibe en: https://doi.org/10.1074/jbc.M114.615278 Hennig, O., et al. (2020). Adaptation of the CCA-adding enzyme to unusual tRNA substrates. International Journal of Molecular Sciences, 21(23), 9047. Disponibe en: https://doi.org/10.3390/ijms21239047 Joyce, C. M., & Benkovic, S. J. (2004). DNA polymerase fidelity: kinetics, structure, and checkpoints. Biochemistry, 43(45), 14317–14324. Disponibe en: https://doi.org/10.1021/bi048422z Makarova, K. S., Wolf, Y. I., & Koonin, E. V. (2018). Classification and Nomenclature of CRISPR-Cas Systems: Where from Here?. The CRISPR journal, 1(5), 325–336. Disponibe en: https://doi.org/10.1089/crispr.2018.0033 Nair, D. T., Johnson, R. 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May 27, 2026

27 de mayo - el día que aprendimos a leer el ADN

Durante buena parte del siglo XX, la biología vivía una situación extraña. Se conocía que dentro de cada célula había una molécula que era capaz de transmitir la información de una generación a otra. También se sabía que esa información era responsable de rasgos visibles de los organismos, como la forma de una hoja, el color de los ojos, la estructura de una proteína. Pero había un problema fundamental: nadie entendía cómo funcionaba ese sistema. El ADN era, en esencia, una secuencia de unidades químicas ordenadas una tras otra, como letras en una frase. Sin embargo, a diferencia de un idioma conocido, ese “texto” no podía leerse. No existía un diccionario, no había reglas claras, y tampoco una forma directa de traducirlo en algo observable. Los científicos podían describir su estructura, inclusive podían manipularlo en ciertos contextos, pero no podían interpretar su contenido. Era como tener un libro completo en las manos, con todas sus páginas intactas, pero sin conocer el idioma en el que estaba escrito. Y eso planteaba una pregunta inevitable: si el ADN contiene información, ¿cómo se convierte esa información en algo que la célula pueda usar? Hacia finales de los años cincuenta, esta pregunta se volvió el centro de una carrera científica intensa. Ya no se trataba solo de identificar la molécula correcta, sino de entender el proceso que conecta esa molécula con la vida misma. Las proteínas, por ejemplo, eran conocidas por su papel fundamental en casi todas las funciones celulares, desde formar parte de la estructura de las células hasta la regular la actividad enzimática. Entonces, la conexión parecía evidente: el ADN debía contener instrucciones para construir proteínas. Pero el mecanismo seguía siendo un misterio. ¿Cómo podía una secuencia química convertirse en una cadena de aminoácidos? ¿Cuáles reglas seguía ese proceso? ¿Existía realmente un “código”, o era algo más complejo? Durante años, estas preguntas se abordaron desde la teoría, con modelos matemáticos y propuestas abstractas. Sin embargo, faltaba algo esencial: una forma de poner a prueba esas ideas en el laboratorio. La situación cambió cuando algunos investigadores comenzaron a diseñar sistemas experimentales capaces de aislar el problema y reducirlo a sus componentes más básicos. Ese cambio marcó el inicio de una nueva etapa, en la que el código genético dejó de ser una hipótesis y empezó a convertirse en algo que podía observarse, medirse y, finalmente, comprenderse. En nuestro viaje de hoy viajaremos al pasado con la intención de describir y recorrer ese proceso, el cómo se pasó de una molécula incomprendida a un sistema que podía leerse, cómo fue que se identificaron las primeras reglas del código genético y qué significó ese avance para la biología. Más que un descubrimiento puntual, este descubrimiento que recordamos hoy exactamente 65 años después trata de una transformación en la forma de entender la vida a nivel molecular. Porque en algún momento, dentro de un laboratorio, el ADN dejó de ser un misterio silencioso… y comenzó, por primera vez, a tener sentido. Música del capítulo eL_mot4z Music - Star Wars: The Mandalorian Theme (The Mandalorian and Grogu Tribute) D3pth0fField - Star Wars Jedi: Survivor - Ambient OST (Depth Of Field Mix) Chiptune Planet - Queensryche - One and Only ♬Chiptune Cover♬ Queensryche – Someone Else (band version) Enlaces Paper Nirenberg M.W., & Matthaei J.H. (1961). The dependence of cell-free protein synthesis in E. coli upon naturally occurring or synthetic polyribonucleotides, Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 47 (10) 1588-1602. Disponible en: https://doi.org/10.1073/pnas.47.10.1588. Para leer más Hartman, H., & Smith, T. F. (2019). Origin of the Genetic Code Is Found at the Transition between a Thioester World of Peptides and the Phosphoester World of Polynucleotides. Life, 9(3), 69. Disponible en: https://doi.org/10.3390/life9030069 Holley, R. W. (1968). Nobel lecture: Alanine transfer RNA. Nobel Foundation. Disponible en: https://www.nobelprize.org/prizes/medicine/1968/holley/lecture/ Judson, H. F. (1996). The eighth day of creation: Makers of the revolution in biology (Expanded ed.). Cold Spring Harbor Laboratory Press. Disponible en: https://www.academia.edu/32355053/Horace_Judson_THE_EIGHTH_DAY_OF_CREATION_Makers_of_the_Revolution_in_Biology Khorana, H. G. (1968). Nobel lecture: Nucleic acid synthesis in the study of the genetic code. Nobel Foundation. Disponible en: https://www.nobelprize.org/prizes/medicine/1968/khorana/lecture Lengyel P., Speyer J.F., & Ochoa S. (1961). SYNTHETIC POLYNUCLEOTIDES AND THE AMINO ACID CODE*, Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 47 (12) 1936-1942. Disponible en: https://www.codebiology.org/database/Genetic%20Code/LenSpeOch61.pdf Matthaei, J. H., Jones, O. W., Martin, R. G., & Nirenberg, M. W. (1962). Characteristics and composition of RNA coding units. Proceedings of the National Academy of Sciences, 48(4), 666–677. Disponible en: https://doi.org/10.1073/pnas.48.4.666 Nirenberg M. (1968). Nobel lecture: The genetic code. Nobel Foundation. Disponible en: https://www.nobelprize.org/prizes/medicine/1968/nirenberg/lecture/ Nirenberg M. (2004). Historical review: Deciphering the genetic code--a personal account. Trends in biochemical sciences, 29(1), 46–54. Disponible en: https://ressources.unisciel.fr/biocell/chap6/res/0-deciphering-genetic-code-Nirenberg.pdf

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May 17, 2026

El Orang Pendek - Allí donde la selva devuelve preguntas (RESUBIDO)

El capítulo fue borrado en la plataforma spotify, por lo que procedo a publicarlo de nuevo En las selvas montañosas de la isla de Sumatra circula desde hace siglos el relato de una criatura pequeña, robusta y cubierta de pelo que camina erguida y evita el contacto humano. El Orang Pendek, aparece de forma persistente en testimonios locales, informes coloniales y expediciones modernas, siempre con descripciones sorprendentemente similares: un primate bípedo, de gran fuerza y comportamiento esquivo, asociado a zonas boscosas densas y poco exploradas. A diferencia de otros seres del imaginario tradicional, no se le atribuyen cualidades sobrenaturales ni un papel espiritual claro. Para quienes habitan estas regiones, se trata de algo real y que es parte del entorno natural, algo para la ciencia comparable con otros primates conocidos. Esta consistencia en los relatos locales ha mantenido el interés tanto de investigadores científicos, como de exploradores y naturalistas, situando así al Orang Pendek en un punto intermedio entre la zoología y la tradición cultural. El tema adquiere mayor complejidad cuando se analiza desde la perspectiva de la ciencia. A lo largo del tiempo, diferentes enfoques han intentado explicar estos reportes: algunos los interpretan como errores de identificación de especies conocidas, especialmente orangutanes u otros primates del sudeste asiático, mientras que otros consideran la posibilidad de que se trate de una especie no descrita. En este contexto surge la noción de homínidos relictos, un concepto que plantea la supervivencia de linajes antiguos de primates o humanos arcaicos en regiones aisladas. Esta idea se apoya en cambios importantes dentro de la paleoantropología, donde se ha pasado de una visión lineal de la evolución humana a un modelo más complejo, con múltiples especies coexistiendo en distintos momentos. Aunque esta posibilidad no constituye una prueba, sí abre un espacio teórico que permite abordar el fenómeno sin descartarlo de manera inmediata. En nuestro viaje de hoy vamos a analizar de cerca el caso del Orang Pendek, eso sí, desde una perspectiva estructurada, donde vamos a integrar la información cultural, histórica y científica disponible. Vamos a examinar las percepciones locales, los registros documentados y las interpretaciones académicas, así como otros tipos de evidencias que se han propuesto y sus limitaciones. A partir de este recorrido, vamos a definir el estado actual del conocimiento sobre el tema, diferenciando claramente entre lo que puede sostenerse con datos verificables y lo que permanece en el ámbito de la hipótesis. Música del capítulo Jamie Evans Music - Pirates of the Caribbean 6 OST Concept | COVER VERSION Universal Ambients - Sumatra, 1687 8 Bits Robot – Take On Me ~ 8 BITS ~ *Extended* A-ha - Lifelines Enlaces Bayanov, D. (2012). Historical Evidence for the Existence of Relict Hominoids. The Relict Hominoid Inquiry, 1, 23–50. Disponible en: https://www.isu.edu/media/libraries/rhi/essays/Bayanov_rev.pdf Carson, C. (2023). A decision-theoretic framework for evaluating claims of unknown primate taxa. Medium (ensayo técnico con enfoque bayesiano). Disponible en: https://medium.com/@christopherscarson/a-decision-theoretic-framework-for-evaluating-claims-of-unknown-primate-taxa-using-bayesian-spatial-78db234a413e Daegling, D. J. (2004). Sasquatch and Other Wildmen: The Search for Relict Hominoids. AltaMira Press. Disponible en: https://www.researchgate.net/publication/319305060_Sasquatch_Other_Wildmen_The_Search_for_Relict_Hominoids Falero, A., & Doncel Abad, D. (Eds.). (2021). 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Elusive tropical forest canopy diversity revealed through environmental DNA contained in rainwater. Science advances, 11(33), eadx4909. Disponible en: https://doi.org/10.1126/sciadv.adx4909

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